Năm 1653, Chúa Nguyễn Phúc Tần đánh thắng vua Chăm Pa là Bà Thấm, lập ra dinh Thái Khang, gồm có 2 phủ Diên Ninh và Thái Khang, có 5 huyện thuộc 2 phủ là Phước Điền, Hoa Châu, Vĩnh Xương, Tân Định và Quảng Phước trên vùng đất của Khánh Hòa ngày nay. Huyện Tân Định thuộc phủ Thái Khang, chính là tiền thân của huyện Ninh Hòa ngày nay, được hình thành có ranh giới từ đèo Rù Rì đến giữa sông Dinh.

Năm 1690, Chúa Nguyễn Phúc Trăn đổi tên Phủ Thái Khang thành Phủ Bình Khang. Kéo dài đến năm 1803 là 113 năm.

Năm 1803, Vua Gia Long đổi Phủ Bình Khang thành Phủ Bình Hòa. Kéo dài đến năm 1831 là 28 năm.

Năm 1831, Vua Minh Mạng đổi tên Phủ Bình Hòa thành Phủ Ninh Hòa. Kéo dài đến năm 1949 là 118 năm. (Đặc biệt, khoảng năm 1930-1931 chính phủ thực dân Pháp đổi phủ Ninh Hòa thành huyện Vạn Ninh, còn huyện Tân Định thì đổi thành phủ Ninh Hòa, theo Nguyễn Đình Tư).

Năm 1930 - 1931, sau khi Quốc lộ 26 hoàn thành, nối liền huyện Tân Định với Tây Nguyên, huyện Tân Định trở nên phồn thịnh, thực dân Pháp cắt 7 làng ở phía nam đèo Rọ Tượng cho huyện Vĩnh Xương và nhập 3 tổng của huyện Quảng Phước vào huyện Tân Định, đổi tên thành phủ Ninh Hòa, là thị xã Ninh Hòa ngày nay, còn phủ Ninh Hòa cũ đổi thành huyện Vạn Ninh ngày nay.

Năm 1976, hai huyện Ninh Hòa và Vạn Ninh hợp nhất thành huyện Khánh Ninh trực thuộc tỉnh Phú Khánh.

Ngày 23 tháng 10 năm 1978, Chính phủ ra Quyết định số 268-CP thành lập thị trấn Ninh Hòa, thị trấn huyện lỵ huyện Khánh Ninh[1].

Ngày 2 tháng 3 năm 1979, Chính phủ ra Quyết định số 74-CP cắt các thôn Quảng Cư, Mông Phú, Vĩnh Thạnh của xã Ninh Thượng, các thôn Phú Văn và Thạch Sơn của xã Ninh Đông lập một xã mới lấy tên là xã Ninh Trung[2].

Ngày 5 tháng 3 năm 1979, huyện Khánh Ninh lại được tách ra thành hai huyện Ninh Hòa và Van Ninh, có ranh giới như hiện nay. Huyện Ninh Hòa khi đó gồm thị trấn Ninh Hòa và 24 xã: Ninh An, Ninh Bình, Ninh Đa, Ninh Diêm, Ninh Đông, Ninh Giang, Ninh Hà, Ninh Hải, Ninh Hiệp, Ninh Hưng, Ninh Ích, Ninh Lộc, Ninh Phú, Ninh Phụng, Ninh Phước, Ninh Quang, Ninh Sim, Ninh Tân, Ninh Tây, Ninh Thân, Ninh Thọ, Ninh Thượng, Ninh Trung, Ninh Xuân.

Ngày 30 tháng 9 năm 1981, chia xã Ninh Diêm thành hai xã lấy tên là xã Ninh Diêm và xã Ninh Thủy; chia xã Ninh Phước thành hai xã lấy tên là xã Ninh Phước và xã Ninh Vân.

Ngày 27 tháng 3 năm 1989, sáp nhập xã Ninh Hiệp vào thị trấn Ninh Hòa.

Ngày 30 tháng 6 năm 1989, tái lập tỉnh Khánh Hòa từ tỉnh Phú Khánh, huyện Ninh Hòa trực thuộc tỉnh Khánh Hòa.

Ngày 19 tháng 11 năm 1998, thành lập xã Ninh Sơn trên cơ sở 17.175 ha diện tích tự nhiên và 6.267 nhân khẩu của xã Ninh An.

Đến cuối năm 2009, huyện Ninh Hòa có 27 đơn vị hành chính gồm thị trấn Ninh Hòa và 26 xã: Ninh An, Ninh Bình, Ninh Đa, Ninh Diêm, Ninh Đông, Ninh Giang, Ninh Hà, Ninh Hải, Ninh Hưng, Ninh Ích, Ninh Lộc, Ninh Phú, Ninh Phụng, Ninh Phước, Ninh Quang, Ninh Sim, Ninh Sơn, Ninh Tân, Ninh Tây, Ninh Thân, Ninh Thọ, Ninh Thượng, Ninh Thủy, Ninh Trung, Ninh Vân, Ninh Xuân.

Ngày 25 tháng 10 năm 2010, huyện Ninh Hòa được chuyển thành thị xã Ninh Hòa[3]. Đồng thời, chuyển thị trấn Ninh Hoà thành phường Ninh Hiệp; chuyển 6 xã: Ninh Đa, Ninh Diêm, Ninh Giang, Ninh Hà, Ninh Hải, Ninh Thủy thành các phường có tên tương ứng.